Um die West – Ostverkehrachse auf Hochleistungsstandard zu bringen, wird diese mit neuester Gleistechnologie ausgestattet. Die bestehenden Anlagen werden erneuert und auf acht Durchfahrtsgleise erweitert. 

Die dreigleisige Einbindung der Westbahn von Westen (3-gleisiger Abschnitt „St. Pölten – Prinzersdorf“, bereits 2000 abgeschlossen) verspricht eine Verkürzung der Reisezeit und Erhöhung der Leistungsfähigkeit im Personen- und Güterverkehr.Die Strecke in Richtung Ostösterreich wird auf vier Gleise ausgebaut (Abschnitt „Einfahrt St. Pölten Ost“; bereits im August 2005 abgeschlossen), um den Standard einer Hochleistungstrecke zu erreichen. Durch die 2-gleisige Einbindung der bisher eingleisigen Strecke Herzogenburg – St. Pölten werden mehr Möglichkeiten für einen erweiterten Nahverkehr geschaffen.

Um den raschen, komfortablen Zutritt zu den neu eingegliederten Gleisen zu sichern, stehen nach Fertigstellung insgesamt 13 Bahnsteige zur Verfügung. Die derzeit vorhanden zwei Inselbahnsteige werden durch einen weiteren ergänzt.

Westlich des Bahnhofs erfolgt die Abflachung der bestehenden Trasse und somit die Entschärfung der sogenannten Eisbergbogen-Kurve. Im Bereich der Eisbergsiedlung wird die Strecke auf einer Länge von 460 Metern in Form einer Unterflurstrasse ausgeführt. Die Brücke in der Eichendorffstraße sowie jene über einen Wirtschaftsweg westlich der Eisbergsiedlung werden für den Verlauf der Strecke neu errichtet.
 

Durch Streckenbegradigungen und neue Tunnel werden die Züge in Zukunft mit über 200 km/h verkehren können. Dies ermöglicht es, die Leistungsfähigkeit der West-Ostverbindung im Personen- und Güterverkehr zu steigern. Selbstverständlich werden alle Umbauarbeiten unter Aufrechterhaltung des regulären Bahnbetriebes durchgeführt.