Die wohl wesentlichste Veränderung im Innenleben des Bahnhofgebäudes betrifft die Kremser Durchfahrt. Die Unterführung, die momentan noch durch das Herz des Gebäudes verläuft, wird zu einem zentralen Fußgängerzugang zu den Bahnsteigen umfunktioniert. Der motorisierte Verkehr wird auf die weiter westlich gelegene Schöpferstraße umgeleitet. Dort entsteht neue Straßenunterführung mit zwei Fahrspuren und Fußweg.

Die neue Personenhalle wird der Haupteingang in die Bahnhofshalle, die den direkten schienenfreien Durchgang zu den Bahnsteigen ermöglicht. Zudem ist sie gleichzeitig der Zugang zu einer modernen Einkaufspassage, die ein abwechslungsreiches Angebot an Geschäften bietet. Großzügig angelegt, bietet sie ausreichend Platz und viele Fenster versprechen eine freundliche und angenehme Atmosphäre.

Östlich des zukünftigen Haupteinganges erfolgt der Bau eines zweiten Personendurchganges zu den Bahnsteigen, der in Form eines Stiegenaufganges verwirklicht wird.